利用无人机做好重大工程中的水土保持工作，可以采取以下措施：

1. 监测施工过程：无人机可以在重大工程施工过程中进行实时监测，对施工现场的土地利用、挖填土方量、水土流失状况等进行监测和评估。通过无人机拍摄的影像和数据，可以及时发现和解决水土保持方面的问题。

2. 巡查监管：无人机可以进行快速、高效的巡查监管，对施工过程中的违规行为进行及时发现和制止。通过无人机的实时监测和数据传输，可以及时发现水土流失问题，并采取相应的措施进行治理。

3. 调查取证：无人机可以用于调查取证，对重大工程中的水土保持问题进行调查和分析。通过无人机拍摄的高清影像和数据，可以对水土流失的原因、范围和程度进行深入了解和分析，为后续治理提供依据。

4. 宣传教育：无人机可以用于水土保持宣传教育，通过无人机拍摄的影像和宣传资料，向施工人员和当地居民宣传水土保持的重要性和方法措施。提高人们的水土保持意识，共同参与到水土保持工作中来。

5. 建立档案：无人机可以用于建立水土保持档案，对重大工程中的水土保持问题进行长期的监测和记录。通过建立水土保持档案，可以对工程中的水土流失问题进行全面的了解和分析，为后续的水土保持工作提供经验和借鉴。

总之，利用无人机做好重大工程中的水土保持工作，需要采取多种措施和方法，包括监测施工过程、巡查监管、调查取证、宣传教育和建立档案等。通过这些措施的实施，可以有效地保护工程沿线的水土资源，减少水土流失问题，为重大工程的顺利实施提供保障。